關(guān)于世界上曾經(jīng)或曾經(jīng)存在過多少種可可樹木（Theobroma spp），目前存在一些爭論。識別（和辯論）的公認變種包括可可樹ssp。可可（叫做克里奧洛（Criolo），在整個中美洲都有發(fā)現(xiàn)）；T.可可屬 sphaerocarpum（稱為弗拉斯特羅和北部亞馬遜河流域發(fā)現(xiàn)的）; 和兩者的混合稱為Trinitario。

       近的遺傳研究表明，所有形式的可可都是Forastero的簡單形式。如果屬實，可可起源于哥倫比亞和厄瓜多爾的上亞馬遜地區(qū)，并通過人工干預被帶到中美洲。人種學研究 北部亞馬遜地區(qū)的研究表明，可可的使用僅限于水果而不是豆類加工中產(chǎn)生的可可茶。

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       早使用巧克力

       早可可豆的使用證據(jù)位于亞馬遜盆地外，可追溯到公元前1900-1500年。研究人員使用質(zhì)譜法對中美洲早的幾個碗內(nèi)部的殘留物進行了質(zhì)譜分析，并在墨西哥南部恰帕斯州Mokaya的Paso de la Amada的一個通勤室內(nèi)發(fā)現(xiàn)了可可堿的證據(jù)。他們還從韋拉克魯斯的El Manati Olmec遺址（約公元前1650-1500年）發(fā)現(xiàn)了一個可可堿檢測呈陽性的碗。

       其他早期發(fā)現(xiàn)使用巧克力的考古遺址包括約公元前1150年在洪都拉斯的埃斯孔迪多港（Puerto Escondido）和公元前1000-400年之間的伯利茲伯爾（Colha）。

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       巧克力創(chuàng)新

       顯然，種植和養(yǎng)育可可樹木的創(chuàng)新是中美洲的發(fā)明。直到近，學者們還相信，由于瑪雅語“ kakaw”一詞起源于奧爾梅克語，奧爾梅克語一定是這種美味液體的祖先。然而，近在洪都拉斯埃斯孔迪多港的考古學研究表明，當洪都拉斯與Soconusco地區(qū)進行積貿(mào)易時，可可馴化的初步驟發(fā)生在奧爾梅克文明興起之前。

       有早期巧克力馴化證據(jù)的考古遺址包括帕索·德拉·阿馬達（墨西哥），埃爾馬納蒂（墨西哥），埃斯孔迪多港（洪都拉斯），巴特蘇貝（伯利茲），南安提奇（危地馬拉），里奧阿祖爾（危地馬拉），科爾哈（伯利茲）。